Tra il secondo e il terzo decennio del XIII secolo, la comunità francescana si insediò a Sassari, dopo aver ricevuto in dono il monastero di Santa Maria di Campulongu, che nel 1106 era stato donato ai benedettini di s.Vittore di Marsiglia dal giudice di Torres Costantino I di lacon-Gunale[1]. Negli anni 70 – 80 del XIII secolo fu ampiamente modificato l’impianto preesistente della chiesa e del convento.
Il primo intervento consistente è quello collocato tra il 1440 e il 1465[2] quando la chiesa venne ampliata e praticamente rifondata, con la realizzazione tra l’altro di alcune cappelle in stile tardogotico e una enorme volta a crociera nel presbiterio. Alla fine del XVI secolo vi fu educato e vi divenne sacerdote Francesco Zirano, frate francescano martire e poi beato.
Nel XVII secolo fu aggiunta l’abside semicircolare ad ingrandimento del coro. Le capriate lignee della copertura della navata vennero sostituite nel XVIII secolo con volte a crociera. Tra il 1829 e il 1834[3] la chiesa venne restaurata su progetto del frate architetto Antonio Cano, che introdusse nella fabbrica elementi architettonici e decorativi dello stile rococò e neoclassico; tra gli altri interventi, venne realizzata la struttura cupolata, a pianta ellittica, che andò a sostituire il transetto a volta gotica del precedente impianto. Lo stesso Cano, nel 1813 aveva curato il restauro del convento attiguo.
Nel 1846, l’architetto Antonio Cherosu realizzò la torre campanaria a canna cilindrica che sostituì il campanile gotico catalano a pianta ottaganale del XIV secolo, crollato improvvisamente dopo i lavori del frate Cano. Nel 2014, a seguito della beatificazione di padre Francesco Zirano, all’esterno della chiesa è stata collocata una statua che ne rappresenta il martirio. Vandalizzata poco tempo dopo, è ora conservata nel convento.
La chiesa è sede di sette gremi cittadini: il gremio dei Muratori, quello dei Sarti, degli Ortolani, dei Falegnami, dei Contadini, dei Piccapietre e degli Autoferrotranvieri.